En este caso, sólo redireccionaría a otra página si el idioma es inglés

El código sería para ponerlo en el index

<?php
	$idiomas = explode(",",strtolower( $_SERVER["HTTP_ACCEPT_LANGUAGE"] ));
	$numeroIdiomas = count($idiomas);
	for ($i=0;$i<$numeroIdiomas;$i++) {
		$idiomaUsuario = substr($idiomas[$i],0,2);
		if ($idiomaUsuario === "en") {
			header("location:/eng/");
}
$i = $numeroIdiomas;
}
?>

El código original, no comparto un pequeño detalle, no entiendo la necesidad de redirigir a la carpeta "/es", lo suyo es que si has hecho la web para un idioma - alojada en el servidor del pais correspondiente -, por defecto sea en ese idioma (y no se mueva de ahí) el dominio principal y las opciones de otros idiomas, estén en carpetas.

<?php
 	$idiomas = explode(",",strtolower( $_SERVER["HTTP_ACCEPT_LANGUAGE"] ));
 	$numeroIdiomas = count($idiomas);
 	for ($i=0;$i<$numeroIdiomas;$i++) {
 		$idiomaUsuario = substr($idiomas[$i],0,2); //evitando problemas con en-eu, etc...
 		switch ($idiomaUsuario) {
		// comprobamos si el navegador está en castellano
 			case "es":
 			$idioma = 'es/'; 
 			$i = $numeroIdiomas;
 			break;
		// comprobamos si el navegador está en inglés
 			case "en":
 			$idioma = 'eng/';
 			$i = $numeroIdiomas;
  			break;
		// por defecto dejamos el idioma castellano
 			default:
 			$idioma = 'es/';
 			break;
 			}
 		}
	header("location:/".$idioma.""); 
?>

Debería establecerse el código en la index del idioma predeterminado y establecer la redirección ahí.

Para solo un idioma, podemos usar un if en lugar de un switch case

<?php
	$idiomas = explode(",",strtolower( $_SERVER["HTTP_ACCEPT_LANGUAGE"] ));
	$numeroIdiomas = count($idiomas);
	for ($i=0;$i<$numeroIdiomas;$i++) {
		$idiomaUsuario = substr($idiomas[$i],0,2);
		if ($idiomaUsuario === "en") {
			header("location:/eng/");
		}
	$i = $numeroIdiomas;
	}
?>

En el .htaccess {a mi no me funciona}

# BEGIN REDIRIGIR POR IDIOMA
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP:Accept-Language} (en) [NC]
RewriteRule .* /en/ [R,L]
# END REDIRIGIR POR IDIOMA

{Una versión encontrada a posteriori con más opciones}